Fakultät für Informatik
der Technischen Universität München
Informatik X: Rechnertechnik und Rechnerorganisation / Parallelrechnerarchitektur
Prof. Dr. Arndt Bode
,
Prof. Dr. Hans Michael Gerndt
Fakultät für Informatik
der Technischen Universität München
Informatik X: Rechnertechnik und Rechnerorganisation / Parallelrechnerarchitektur
Prof. Dr. Arndt Bode
,
Prof. Dr. Hans Michael Gerndt
Bahnbrechende Entwicklungen in der Sequenzierung von DNA führen zu einem massenhaften Anstieg von DNA-Sequenzdaten in den öffentlichen biologischen Datenbanken. Dies führt dazu, dass auch massenhaft DNA-Sequenzen von sehr schlechter Qualität dort gespeichert sind. Solche qualitativ schlechten Daten können nachfolgende vergleichende Analysen, wie Stammbaumberechnungen, oder die Suche nach diagnostischen Signaturen erheblich stören. Deshalb ist es erforderlich, vor einer weiterführenden Analyse die Qualität der aus den öffentlichen Datenbanken bezogenen Sequenzdaten zu überprüfen.
Im Rahmen dieser Arbeit soll untersucht werden, inwieweit sich Neuronale Netze eignen, um die Qualität von DNA Sequenzdaten zu beurteilen, und um dadurch qualitativ schlechte Sequenzen ausfiltern zu können.
Ein neuronales Netzes für die Qualitätsbeurteilung von DNA-Gensequenzen soll entwickelt und implementiert werden. Dies umfasst die Formalisierung von Eigenschaften der (guten) Sequenzdaten, die Definition der Neuronen (Units), der Stärke der Verbindung zwischen den einzelnen Neuronen (Gewichtungen) und der Lernregeln, sowie das Trainieren des neuronalen Netzes mit zur Verfügung stehenden Trainingsdatensätzen und, nach Testen mit aktuellen Originaldaten, gegebenenfalls die Verfeinerung des Netzes.
Diese Arbeit soll in Zusammenarbeit mit und zum Teil bei der Firma “superWise Technologies AG” durchgeführt werden. Betreut wird sie von Herrn Dr. Geiger (superWise Technologies AG) und Dr. Harald Meier, am Lehrstuhl Professor Bode (Informatik10, TUM).
Bei Interesse bitte bei Harald Meier melden.
(Ausschreibung vom 19.06.2009)